Der SV Austria Salzburg wurde im Jahr 2005 gegründet, nachdem der ursprüngliche Verein, damals bekannt als Austria Salzburg, insolvent geworden war. Die Wurzeln des Klubs reichen jedoch zurück bis ins Jahr 1933, als der Verein erstmals gegründet wurde.
Nach der Insolvenz des Vereins wurde eine neue Mannschaft aufgestellt, die in der untersten Liga Österreichs, der 1. Klasse Nord, startete. Unter dem Namen SV Austria Salzburg kämpfte sich der Verein innerhalb weniger Jahre bis in die Regionalliga West, die dritte Liga Österreichs, hoch.
In den folgenden Jahren etablierte sich der SV Austria Salzburg in der Regionalliga West und konnte mehrere Erfolge verbuchen. Im Jahr 2013 gelang dem Verein der Aufstieg in die Erste Liga, die zweithöchste Spielklasse Österreichs. Dort spielte der SV Austria Salzburg bis zur Saison 2014/2015, als der Abstieg in die Regionalliga West erfolgte.
Zu dieser Zeit begann auch die Auseinandersetzung um den Vereinsnamen. Eine Gruppe von Fans gründete den Verein "FC Red Bull Salzburg", nachdem das österreichische Unternehmen Red Bull den Verein gekauft und in FC Red Bull Salzburg umbenannt hatte. Die Fans des ursprünglichen SV Austria Salzburg wehrten sich gegen diese Umbenennung und gründeten den Verein neu, um an die Tradition des alten Klubs anzuknüpfen.
Seit 2015 spielt der SV Austria Salzburg in der Regionalliga West und hat sich dort erfolgreich etabliert. Der Verein hat eine starke Fanbasis und engagiert sich auch sozial in der Stadt Salzburg.
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